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凝聚态理论物理中心
医学成像与影像分析研究中心
商业及社会数据分析中心
商业战略与创新研究中心
干细胞研究中心
智能传感器与环境技术中心
智能制造中心
港澳海洋研究中心（青岛海洋科学与技术试点国家实验室）
郑家纯机器人研究所
高分子成型过程及系统中心
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数据中心 (广州)
数据中心 (清水湾)
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HKUST-WeBank联合实验室
南方海洋科学与工程广东省实验室（广州）香港分部
香港科技大学 - AP环境科学健康与环境创新联合实验室
香港科技大学 - 上海第六人民医院脑科学联合研究中心
香港科技大学 - 中国科学院深圳先进技术研究院脑科学联合实验室
香港科技大学 - 中国联通智慧社会联合实验室
香港科技大学 - 佳兆业联合研究院
香港科技大学 - 华大智造联合研究中心
香港科技大学 - 南丰集团联合实验室
香港科技大学 - 博智林联合研究院
香港科技大学 - 科劲国际可持续技术联合实验室
香港科技大学 – 港铁联合实验室
香港科技大学-香港生产力促进局工业人工智能与机器人联合实验室
香港科技大学协同创新中心
香港科技大学大数据生物智能实验室
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实验动物中心 (广州)
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纳米系统制造实验中心 (广州)
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华南研究中心